Comment Gérez-vous Les Problèmes Dans Chol Default X ?

Comment Gérez-vous Les Problèmes Dans Chol Default X ?

January 24, 2022 Off By James Guzzi

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Vous pouvez éventuellement recevoir une erreur indiquant une erreur incroyable dans chol default x. Il existe plusieurs façons de résoudre ce genre de problème, dont nous parlerons bientôt.

J’affiche peut-être un script R assez simple. Il charge deux images des informations marketing puis démarre complètement rCCA avec mixOmics  :

Système

  ('la valeur par défaut peut être org.R-project.R force.LANG en_US.UTF-8')## install.packages ("mixOmics")Bibliothèque (mixOmics)TCIA <- read.csv ("/Users/kimrants per Desktop/Data_for_R/TCIA",                 Titre = VRAI,                 sep est égal à ",",                 stringsAsFactors signifie FALSE)TCGA <- read.csv ("/Users/kimrants/Desktop/Data_for_R/TCGA",                 Titre = VRAI,                 sep = ",",                 stringsAsFactors = FALSE)# Supprimer la première ligne (id)df_TCGA <- TCGA [, - 1] df_TCIA <- TCIA [, - 1]data.shrink <- rcc (X est égal à df_TCIA, Y = df_TCGA, ncomp tactics, = method = 'shrinkage')plot (data.shrink, scree.type est égal à "barplot")grid1 Seq (0, <- 0,2, longueur = 5)Grille2 <- seq (0.0001, 0.2, correspondances de longueur <- 5)cv tune.rcc (df_TCIA, df_TCGA,     est égal à Grid1 Grid1, Grid2 = Grid2, check is "loo")résultat <- rcc (df_TCIA, df_TCGA, ncomp vaut 5,     lambda1 = cv rrr opt.lambda1, lambda2 = cv rrr opt.lambda2) 

Cependant, lorsque j'exécute la majeure partie de l'avant-dernier tableau, j'obtiens le message d'erreur suivant :

Erreur dans juste chol.default (Cxx) : certain bit de septième ordre d'un avant-plan n'est pas uniquement parfait

error in chol evade x

Il est écrit ici : "Cela doit probablement commencer lorsque vous rencontrerez directement des matrices singulières où la variété totale de variables de deux ensembles de données est littéralement beaucoup plus grande que le nombre apparenté à échantillons. " Nous vous recommandons d'utiliser la CCA régularisée. "... en plus j'utilise déjà rCCA ? Je n'ai donc pas besoin de savoir comment résoudre ce problème.

Bonjour à tous ! Je suis content de voir qu'il n'y a pas que moi qui ai des problèmes...
J'ai 2 disques et (abondance de biomasse). Je peux créer l'opérateur d'abondance avec le numéro suivant, mais l'opérateur de biomasse conserve le code d'erreur :

Erreur dans checkForRemoteErrors (val) :
Généré plusieurs nœuds d'erreur ; la première erreur : la principale mineure du 7e ordre est sans doute positivement actuelle

tracé ()
5 : stop (count, erreur construite par le nœud par pouces ; première erreur : ", firstmsg,
Emplacement de domaine pour NA)
4.checkForRemoteErrors (val)
3 : dynamicClusterApply (cl, amusement, longueur (x), argfun)
2 : clusterApplyLB (cl, 1 : nChains, fun implique SampleChain)
1 : sampleMcmc (modèle, mince équivaut à mince, les échantillons correspondent aux échantillons, transition signifie transitionnel,
nChains signifie nChains, nParallel implique nChains, verbose équivaut à verbose,
alignPost est égal à TRUE)

L'ensemble de données de population contient des stations d'il y a 17 ans, et la biomasse est de 8 tuyaux. Les deux fonctionnent si j'ajoute le bon plan spatial aléatoire (coordonnées XY), mais malheureusement 1) je ne suis pas intéressé par les aspects spatiaux internes en soi et 2) en raison du caractère aléatoire spatial, cela rend le modèle plus difficile d'accès et perd donc plus de temps ( minimum 1-2 jours pour la conception et le style, non compris la vérification croisée). Quoi qu'il en soit, sous le code que j'utilise, il est écrit :

studyDesign <- data.frame (échantillon égal à as.factor (rownames (Env)), Habitat est égal à as.factor (Env $ Habitat))
rL1 <- HmscRandomLevel (units = studyDesign $ sample)
rL2 <- HmscRandomLevel (les unités correspondent à StudyDesign $ environnement)
XFormule <- ! poly (profondeur, degré signifie 2, = VRAI organique) +
poly (oxygène, plage égale à 2, = ligne de base VRAI) +
poly (B.Temp, Grad = 2, mailles brutes avec +
Le degré de poly (fluorescence, vrai) est égal à 2, la valeur initiale signifie VRAI) +
poly (B.PSU, grade = peu de, naturel et organique = TRUE) +
poly (opacité, degré =, raw implique TRUE) + SIC

Formule Tr <- ~ S1 + S2 + S3 + S4 + S5 + BF1 + BF2 + BF3 + BF4 + BF5 + SK1 + SK2 + SK3 + SK4 + SK5 +
R1 + R2 + R3 + R4 + LD1 + LD2 + LD3 + MV1 + MV2 + MV3 + MV4 + MO1 + MO2 + MO3 + MO4 +
FH1 + FH2+ FH3 + FH4 + FH5 + FH6 + Z1 + Z2 + Z3 + Z4

Modèle <- Hmsc (Y = logY, YScale = TRUE, XData = XData, correspond à xformula XFormula,
TrData = TrData, TrFormula signifie TrFormula,
phyloTree = mon.arbre,
StudyDesign = StudyDesign,
ranLevels implique une liste (échantillon signifie rL1, Habitat est égal à rL2), distr est égal à "normal")

NChaînes = # 4
Agent léger 15
Échantillons = 175
Temporairement 1000
Verbeux = implique 80
Model = SampleMcmc (modèle, Thin est égal à Tiny, Samples = Samples,
Transitoire est égal à Transitoire,
NChains Signifie NChains, NParallel est égal à NChains,
Détaillé est également détaillé, AlignPost = VRAI)

Approuvé

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  • Étape 1 : Téléchargez et installez le logiciel
  • Étape 2 : Ouvrez-le et cliquez sur le bouton "Restaurer"
  • Étape 3 : Sélectionnez la sauvegarde à partir de laquelle vous souhaitez restaurer et suivez les instructions

  • L'habitat fonctionne presque comme un facteur aléatoire, mais tout le temps que je fixe l'échantillon égal à rL, j'obtiens l'erreur ci-dessus. Des idées pour résoudre le nôtre? J'ai le potentiel de partager le signal si j'en ai absolument besoin. Merci,

    Phoebe

    error in chol delinquency x

    beaucoup

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